分离蛋白（Isolation protein）通常指从复杂的混合物中提取出具有特殊功能或结构的单一蛋白质。分离蛋白是生物技术领域的重要材料之一。在生物医药、生命科学、工业生产、环境保护等方面具有广泛应用。
分离蛋白的提取和纯化可以使用多种技术，如离子交换、凝胶过滤、疏水相互作用、亲和层析、等电聚焦、超滤、高效液相色谱等。相应的技术选择应当考虑到目标蛋白在混合物中所处的位置、目标分离度、纯度、重复性、成本等因素。
分离蛋白在生物医药领域中广泛应用于重组蛋白质、蛋白质药物、生物诊断和治疗；在生命科学领域中，可用于酶学、免疫学、分子生物学等实验室研究；在工业生产中，可用于食品、饲料、化妆品等领域。
此外，分离蛋白还可以应用在环境保护中，利用生物技术方法来处理污水、固体废弃物、工业废水等。
